Mike et ses amis ont réussi à quitter l'Île oubliée à bord du sous-marin Nautilus, échappant ainsi au capitaine Winterfeld. Alors qu'ils sont échoués au fond de l'océan Atlantique, une curieuse lueur attire leur attention. Munis de leurs scaphandres, ils découvrent, stupéfaits, une immense coupole abritant un cercueil en verre où repose une jeune fille. Serait-ce un vestige de l'Atlantide, le mythique royaume englouti ? Les jeunes aventuriers vont tenter d'élucider le mystère du sarcophage de la belle inconnue. Mais le cruel capitaine Winterfeld est de nouveau sur leurs traces...