Soren est bouleversé : sa soeur Eglantine a disparu. Et, depuis le siège de l'hiver passé, quitter l'île est devenu très dangereux. Sans aide, la jeune chouette vole à la catastrophe. Elle finit par réapparaître un beau jour, mais son comportement a bien changé... Soren découvre bientôt que le terrible Klud a manipulé Eglantine pour en faire son espionne à Ga'Hoole. Il est temps de reformer le Super-Squad et de mener un ultime combat contre Klud.