XIIe siècle. Kyoto. Japon.

     Ultimo & Vice sont des Karakuri Dôji, des entités mécaniques pourvues d'émotions et de sentiments humains. L'un est le Bien incarné et l'autre le Mal tout puissant et leur capacité de jugement est rapide comme l'éclair. Le but de leur existence : prouver de manière absolue laquelle des forces entre le Mal et le Bien est la plus puissante de l'univers...

     XXIe siècle. Tokyo ouest.

     Entre les filles et les problèmes d'argent, la vie est rude pour les lycéens, mais pour Yamoto les choses semblent sur le point de changer le jour où il découvre dans une vieille échoppe Ultimo, une sorte de marionnette étrange...