Les tortues affrontent l'ultime incarnation de Shredder, le ninja assassin chef du clan Foot à l'origine de toute la saga. Pendant ce temps, Splinter se bat sur le plan astral contre un mage ayant juré sa perte et Leonardo, empoisonné, affronte à l'aveuglette un ninja décidé à se venger des blessures qu'il lui a infligé il y a des années.