Ces derniers temps, l'univers de Max a beaucoup changé. Débusqué par Ames White, un agent de la NSA, son ami Logan, le célèbre Veilleur, est en cavale. Manticore n'existe plus, réduite à néant par Max, et les "soldats génétiquement modifiés" sont libres. Hélas, tout le monde les considère comme des monstres... Ces préjugés sont renforcés lorsque Bobby Kawasaki, l'un des leurs, entreprend d'abattre des humains normaux... pour voler leur peau et s'en faire un costume !

Pour fuir les persécutions, les semblables de Max ont squatté un quartier pollué par des émanations chimiques — Terminal City. L'ordre moral étant ce qu'il est, ça n'empêche pas la police et la garde Nationale de vouloir les en déloger.

Un triple défi pour Max : neutraliser le tueur, éviter un massacre et... découvrir les motivations — très louches — du sinistre Ames White.