Après la bouleversante découverte de l'astronaute George Taylor qui conclut le film La planète des singes, celui-ci décide de rassembler ce qui reste d'une humanité retournée à l'état sauvage, pour la remettre sur la voie de la civilisation et défier le docteur Zaïus et le pouvoir des singes. À l'abri dans la « zone interdite » peu à peu l'espèce humaine reprend son évolution sous l'impulsion de Taylor ; mais cette renaissance inquiète Zaïus, devenu ministre des sciences. Avec la complicité de l'armée dirigée par le gorille Urus, il prépare l'éradication de la menace : le massacre des humains. Zara, Cornélius et le jeune Lucius, chimpanzés progressistes qui ont tissé des liens d'amitié avec Taylor et favorisé son évasion, feront tout pour sauvegarder la paix entre les deux espèces... mais n'est-il pas déjà trop tard ?