La galaxie est en proie à la Guerre des Clones. La République se bat vaillamment contre les Séparatistes, emmenés par le comte Dooku. Mais chaque jour, de nouvelles planètes succombent aux forces du mal et viennent grossir les rangs des Séparatistes. Pour prendre l'ascendant, le chevalier Jedi Anakin Skywalker et son apprentie Padawan Ahsoka Tano se voient confier une mission de la plus haute importance : retrouver Rotta, le fils de Jabba le Hutt qui vient d'être kidnappé. S'ils parviennent à sauver l'enfant, Jabba leur autorisera l'accès aux routes hyperspatiales sous son contrôle. Mais le comte Dooku, qui redoute cette issue, envoie à leurs trousses ses agents — parmi lesquels la redoutable Asajj Ventress — , tout en convainquant Jabba que les Jedi fomentent un complot contre lui. De leur côté, Obi-Wan Kenobi et Maître Yoda font tout ce qu'ils peuvent pour aider l'armée des clones à résister aux assauts des droïdes toujours plus nombreux... Mais leurs pouvoirs suffiront-ils ?