À peine revenu d'un voyage mouvementé sur un sous-marin nazi, Indy se laisse persuader par une jolie missionnaire de l'aider à retrouver son père disparu en Mongolie. En effet, le professeur Angus Starbuck a découvert un os de dinosaure dans le désert de Gobi. Mais cet os est récent !

Durant son périple pour se rendre de la Chine vers la Mongolie extérieure, Indy traverse des régions infestées des plus cruels Seigneurs de la Guerre. Il découvre un peuple isolé, survivant de l'âge de pierre et doit combattre des tueurs sanguinaires afin de protéger le dernier spécimen de triceratops.