Soudain, en effet, son commandant, l'amiral Kirk, se trouve en situation d'urgence. Le laboratoire spatial de Regulus annonce une terrible nouvelle : Khan s'est emparé du Reliant, un croiseur de la Fédération, et a pris possession du Projet Genesis — lequel peut changer la face du monde, en faire un paradis ou un enfer.

Or, Khan, c'est le génie du mal, jadis puni et exilé par Kirk et qui a juré de se venger. Entre L'Enterprise et Le Reliant s'engage une course mortelle. Gagné de vitesse, Kirk fonce vers un nuage opaque de gaz et de poussière. Les deux vaisseaux vont se battre en aveugle...