Un vaisseau spatial non identifié vient d'atterrir en plein milieu de Central Park ! Il est bourré d'armes redoutables et son occupante, une extraterrestre très sexy, projette la destruction totale de la Terre ! Voilà un nouveau défi pour les Men in Black. Mais pour mener à bien leur mission, ils doivent d'abord localiser l'Agent Kay. En effet, il est le seul à détenir le secret qui peut sauver la planète. Seul petit problème : l'Agent Kay a complètement perdu la mémoire !