Date 8679.25. L'Empire Klingon est au bord du gouffre : ruiné par d'énormes dépenses militaires et la destruction de ses principales sources d'énergie, il est agité par des secousses internes que nul ne peut plus maîtriser.

Pour éviter le désastre final, Gorkon, Chancelier du Haut Conseil de Klingon, propose d'ouvrir des négociations avec l'ennemi de toujours, la Fédération, pour mettre fin à des années d'hostilité entre les deux puissances et ouvrir une nouvelle ère de paix.

Le Capitaine James T. Kirk et son équipage sont chargés d'escorter en tout sécurité le Chancelier dans l'espace de la Fédération. Mais une tragique péripétie va tout remettre en question... Comment Kirk et le Docteur McCoy, tombés aux mains de leurs pires ennemis, vont-ils s'en sortir ? Comment vont-ils pouvoir éviter le conflit le plus destructeur que la galaxie ait jamais affronté ?