Année 2060. Quelque part aux Etats-Unis, dans un manoir niché au coeur d'un immense parc privé, se trouve une école pas comme les autres. L'école Deveraux, que ses résidents ont surnommée Spy High, « l'école des espions », délivre en effet des cours de techniques de l'espionnage, de maniement des armes, de piratage informatique, d'entraînement au combat en réalité virtuelle...

     Les six adolescents membres de l'équipe Bond ont passé l'épreuve du feu (Mission 1 : La Fabrique de Frankenstein) et entament à présent leur deuxième trimestre. Un trimestre déterminant, puisque la meilleure équipe de la première année sera récompensée par le « Bouclier de Sherlock » tant convoité. Mais un danger beaucoup plus grave se profile : le CHAOS, une organisation mystérieuse, multiplie les attentats à travers toute la planète au moyen d'un supervirus informatique, Némésis. Un virus intelligent et destructeur, qui ne tarde pas à échapper à ses créateurs pour accomplir son funeste dessein : détruire l'humanité...