Après la mort de Jules Verne, en 19055 son éditeur, Hetzel, confie à Michel Verne, fils de l'écrivain, le soin d'adapter et de modifier à sa guise l'intrigue et les personnages de six ouvrages inédits de l'auteur de Cinq semaines en ballon. C'est donc à titre posthume, en 1908, que paraît ce roman, sous le titre Le Pilote du Danube. Hélas ! l'œuvre est si profondément remaniée — seul le premier chapitre est demeuré intact — que les lecteurs sont décontenancés, et le procès évité de justesse.

     En 1978, Piero Gondolo délla Riva, célèbre collectionneur « vernien », retrouve les frappes originales du manuscrit. Les comparant au Pilote, il mesure l'ampleur de la trahison. De fait, Le Beau Danube jaune — dont le titre répond avec humour à la célèbre valse de Strauss — est un roman d'aventures mystérieux, dans la veine des Voyages extraordinaires. Grâce à la Société Jules Verne, ce roman est enfin présenté au grand public dans sa version originale, la seule authentique.

     Sigmaringen, dans les années 1860. A la surprise générale, c'est un inconnu d'une cinquantaine d'années, Ilia Krusch, qui, avec un brochet de dix-sept livres, remporte le concours organisé par la prestigieuse « Ligne danubienne ». Grisé par le succès, Krusch n'entend pas s'en tenir là. Déjà, à Vienne, la presse annonce que « ce Hongrois étonnant s'attaque à un nouveau record : descendre le Danube, la ligne à la main, depuis sa source jusqu'à son embouchure sur la mer Noire » — un parcours de quelque 2 400 kilomètres !

     En compagnie d'un mystérieux admirateur qu'il a accepté d'embarquer dans son aventure, Krusch entreprend son périple. Or, au fil des jours, il sent peser sur lui des soupçons de plus en plus insistants. Serait-il lié aux contrebandiers qui pullulent au fil du fleuve ? Une « affaire » se dessine qui, avec ses « kruschistes » et ses « antikruschistes », n'est pas sans rappeler certain scandale qui divisa la France à l'orée de ce siècle...