Depuis leur évasion du sinistre orphelinat de Saint-AEgolius, Soren, Gylfie, Perce-Neige et Spéléon se sont fait une promesse : retrouver le Grand Arbre de Ga'Hoole dont la légende les a aidés à survivre quand ils perdaient espoir. Là-bas, des chouettes s'élancent chaque nuit dans les ténèbres pour combattre le mal qui envahit le monde.

Le voyage vers l'Arbre est long et semé d'embûches. Mais une fois arrivés les quatre amis doivent aussitôt se soumettre à d'inimaginables épreuves. L'enjeu est de taille : si Soren et ses compagnons retiennent bien les leçons de leurs nouveaux professeurs, ils deviendront enfin gardiens de la nuit...