Alors que le monde-forteresse de Reach et ses courageux défenseurs disparaissent sous le feu des bombardements ennemis, un unique croiseur échappe au carnage, avec à son bord les derniers survivants humains — le Capitaine Keyes, quelques centaines de marines, et le dernier spécimen de super-soldat SPARTAN, l'Adjudant.

Assisté de Cortana, l'intelligence artificielle du vaisseau, l'Adjudant atterrit sur Halo au milieu de troupes massives de Covenants. Curieusement, les soldats semblent chercher quelque chose sur l'anneau artificiel. Il s'avère en effet que Halo, créé de toutes pièces par une race extraterrestre depuis longtemps éteinte, dissimule de nombreux secrets. Mais l'un d'entre eux éclipse de loin tous les autres...