Kay et jay sont les flics d'élite d'une organisation gouvernementale ultra-secrète, les Men in Black (Les Hommes en Noir), chargés de surveiller les activités des extraterrestres vivant incognito sur notre planète. Bientôt, ils découvrent le complot dément d'un terroriste insectoïde. S'ils veulent éviter un conflit intergalactique et empêcher la destruction de la Terre, il leur faut le retrouver d'urgence.