En voulant ressusciter leur mère, Edward et Alphonse Elric ont utilisé une technique interdite relevant du domaine de l'alchimie : la transmutation humaine. Seulement, l'expérience a mal tourné : Edward a perdu un bras et une jambe, et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant prisonnier d'une armure. Devenu alchimiste d'Etat, Edward surnommé « Fullmetal Alchemist », se lance avec l'aide de son frère, à la recherche de la pierre philosophale, leur seule chance de retrouver leur état initial.

     Edward et Alphonse Elric sont de retour à Dublith, auprès de leur maître Izumi Curtis, afin de parfaire leur entraînement et leurs connaissances de la transmutation humaine, cette pratique alchimique prohibée. Très vite, ils sont mis sur la piste d'un dangerereux manuscrit, jadis interdit de publication, contenant peut-être le secret qui leur fera recouvrer leur apparence d'origine !

     Les deux frères se lancent donc dans la quête du mystérieux ouvrage alors que le pays est terrorisé par une meute de chimères qui s'attaquent aux civils. Le colonel Mustang, en charge de l'affaire, ne ménage pas ses efforts...

     Et pourtant, ni lui ni les frères Elric ne se doutent que leurs investigations respectives risquent de les mener vers une vérité difficilement acceptable...

     L'histoire écrite dans ce roman est totalement inédite, tant dans le manga que dans la série animée.