Année 2060. Quelque part aux Etats-Unis, dans un manoir niché au cœur d'un immense parc privé, se trouve une école pas comme les autres. L'école Deveraux, que ses résidents ont surnommée Spy High, « l'école des espions », délivre en effet à des adolescents surdoués des cours de techniques de l'espionnage, de maniement des armes, de piratage informatique, de combat en réalité virtuelle...
Les six membres de l'équipe Bond ont remportés le Bouclier de Sherlock, récompensant les meilleurs étudiants de première année. Mais le troisième trimestre s'est clos sur la mort tragique de leur coéquipière Jennifer Chen. Cette seconde année s'ouvre donc sur une interrogation : qui prendra la place de Jennifer dans l'équipe ? La réponse ne tarde pas à arriver, en la personne de Bex : une fille aux cheveux verts, bardée de piercing, qui n'a pas la langue dans sa poche.
Mais, sous sa franchise apparente, Bex est-elle bien celle qu'elle prérend être ? C'est ce que se demande Ben, le leader de l'équipe, lorsque d'étranges accidents se multiplient lors des séances d'entraînement de l'équipe Bond — des accidents qui manquent de leur coûter la vie. Pour lui, le doute n'est plus permis : il y a un saboteur à Spy High...