Après avoir vaincu l'archonte noir Ulrezaj, Jake et Rosemary sont séparés en fuyant par la porte de transfert. Rosemary se retrouve avec d'autres réfugiés protoss sur Shakuras, alors que Jake est catapulté ailleurs. Sa vie est en danger : leurs ennemis se regroupent et l'essence de Zamara doit être séparée de l'esprit de l’archéologue avant qu'il ne soit trop tard. Il sait qu'il doit survivre assez longtemps pour que Zamara transmette son secret vital. Mais quelle faction les trouvera en premier ? Valérian, les Zergs ou Ulrezaj, remis de ses blessures et devenant de plus en plus puissant ? Son seul espoir est le légendaire Zératul...