Academy City est une ville étudiante peuplée d’élèves aux pouvoirs plus incroyables les uns que les autres. C’est ici qu’étudie Tôma Kamijô, dont la mystérieuse capacité lui permet d ’annuler n’importe quel phénomène paranormal au prix de sa propre chance.
Alors qu'il s’est résigné à vivre sous une mauvaise étoile, son infortune provoque sa rencontre avec la jeune Index. Véritable encyclopédie sur pattes, la nonne aurait mémorisé 103 000 grimoires interdits au service de l’Église.
Embarqué dans une aventure phénoménale, Tôma se retrouve impliqué malgré lui dans les plus grands complots où science et magie s’affrontent sans merci pour la suprématie du monde.