Nous sommes en l'an 3000. Jadis, au XX^e siècle, des envahisseurs monstrueux ont complètement noyé la terre, ne laissant subsister que quelques villes flottantes.

Trois sociétés coexistent et se haïssent dans cet univers étrange : les peureux habitants des villes, les seigneurs de la mer et les mutants, mi-hommes, mi-poissons. Le jeune Stargan, 18 ans, quitte la ville pour devenir seigneur de la mer. C'est alors que les conquérants de l'ombre reviennent. Stargan par­viendra-t-il à réunir les trois peuples ennemis contre l'envahisseur commun ?