Les Romuliens ont créé un univers alternatif en intervenant dans le passé de la Terre. Ils ont ainsi donné naissance à la Seconde Histoire.
Dans cette réalité altérée, Spock est capitaine du vaisseau, et Kirk un jeune enseige plein d'amertume. Ensemble, ils devront lutter pour se libérer du piège où les Romuliens les ont enfermés, et pour rétablir la Première Histoire, avant que la galaxie entière ne bascule dans la folie !