Raul Endymion est né sur la planète Hypérion à l'ère de la Pax. Il n'a pas accepté le cruciforme, ce qui le voue à une mort définitive. Mais voici qu'il est exécuté et se réveille vivant...

Pour le vieux poète Martin Silenus, auteur des Cantos inachevés, le jeune homme est marqué par le destin : à lui de retrouver la petite Énée, disparue à l'âge de douze ans dans l'un des Tombeaux du Temps, de la protéger de la Pax, et de renverser l'Église.

Un programme d'autant plus difficile que la Pax se sait menacée : quand Énée sortira des Tombeaux du Temps, trente mille gardes suisses se tiendront prêts à l'intercepter.